明末四公子之一的方以智曾说，“我得以坐集千古之智”（《通雅》卷首之一），作为十七世纪中国最杰出的学者之一，他在自然科学和哲学上的成就，在于全面总结了中国的古代科学文化，亦融合了西方的新思想新成就。他所处的时代，是世界历史发生重要转折的时期，西方国家正处于从文艺复兴向启蒙运动的过渡阶段，近代科学的发展引起了西方一系列的巨变。在中国，也到了一个“天崩地解”的大转变时期，传统文化既在解体，也在自我重组，自我完善。在中国思想史上，那是一个堪与春秋战国之际相媲美的异常活跃的时代，理学和王学的相互冲击相互碰撞与自我批判自我否定，经世致用的实学和启蒙思想的产生，学术研究的范围从儒家经典扩大到了自然科学、社会科学和思想文化各领域。以自然科学而言，中国古代科技史上的颠峰之作，李时珍的本草纲目，徐光启的农政全书，宋应星的天工开物，徐霞客的徐霞客游记，在短时期内集中产生了，中国的自然科学到了新的爆发点。中国社会走到了一个新的十字路口，处在由传统社会向近现代社会过渡的关键时期，无论是在政治经济领域还是在思想文化领域，旧的传统的思想观念与新的先进的价值理念在激烈的冲击和碰撞，社会面临着一系列令人瞩目的价值冲突和社会转向。但是，很遗憾，中国社会的新的转型因为满清的入主中原而嘎然而止了。
（对于明末清初时期通常的“资本主义萌芽”的说法我比较反感，这只注重生产和资本关系，有贴标签的嫌疑。事实上晚明的社会转型是全方位的，英国人 Craig Clunas以为明中晚期是中国现代化的早期，我以为更确切。Craig Clunas，Superfluous Things：Material Culture and Social Status in Early Modern China，Cambridge：Polity Press，1991）
方以智的曾祖父方学渐讲学于桐城，是王阳明心学在东南地区的重要传人，与江浙的王派传人顾宪成、刘宗周、黄道舟等人并峙。作为王阳明的三传弟子，顾宪成对于王学的空谈心性已经相当反感，企图进行拨乱反正，但他的努力，主要还是在于道德方面的，即王夫之所说的“东林会讲，人但知为储皇羽翼，不知其当新学邪说横行之日，砥柱狂澜，为斯道卫之尤烈也”（王夫之《搔首问》）。但其时程朱理学也已经破绽百出，东林党人的由王返朱，不免有些茫然。方学渐则走得更远，他“究良知而归实”，公然主张“崇实”（叶灿《方明善先生行状》），开明末崇尚务实的风气。方以智的祖父方大镇、父亲方孔炤均回归到程朱的道路，重视 “格物致知”，强调实证主义，两人都擅长天文学。方孔炤曾从意大利籍传教士熊三拔（Sabbathin de Ursis）学习近代科学，他的《崇祯历书约》是明末重要的天文著作。方以智成为集大成者，达到了中国科学史上前所未有的高度。而方以智之子方中通是中国历史上有数的数学家，著有《数度衍》。
晚明的社会，其实是一个多元的政治格局，传统的君主制度下，其它的制约因素也在产生。天主教的传入是其一，崇祯年间的首辅沈一贯、叶向高、徐光启，名臣王徵、孙元化、李天经、张焘、瞿式耜、陈于阶等人均受过洗礼，形成了一个西学集团。而东林党人联合民间的各方势力，在东南遥执朝政，和中央集权相对垒。东林党人和天主教徒们的共通之处是崇敬在不幸和苦难中的坚强性以及伦理道德的严格性，在晚明腐烂的社会中，这是东林党人和天主教徒们共同希望的善行。对于东林党人而言，他们慨然以天下为己任，关心帝国的财政和军事，企图拯救这个腐烂的皇朝。至张溥创建复社，这种倾向更加明显。复社虽无政党的名目，其实在行使政党的功能，也是中国历史上从古至今罕见的真正意义上的在野党。张溥本人是徐光启的学生，曾很长时间在徐光启左右侍读，学习徐光启的泰西之学，包括天文学、数学、农政学等。这是一个很有趣的转变，东林党的对西学的兴趣，主要是伦理道德学说，而复社诸子们开始研究西方的社会科学和自然科学的各个领域。复社的另一领袖陈子龙是其中的代表。
这应该是有感于明末越来越严峻的现实，复社青年们期望能够力挽颓靡的世风，能够把人们从空洞虚幻的王学谈禅中拉回到多灾多难的现实，能够多做一些匡时救世的实事。陈子龙最重要的著作是他编辑刊行的《明经世文编》，共五百零四卷，这是中国古代人文科学的集大成之作，包括了很多领域，如兵饷、马政、边防、边情、火器、番舶、灾荒、农事、治河、水利、海运、漕运、财政、钱法、钞法、税法、役法、科举等（朱东润《陈子龙极其时代》）。这书的焦点就是救世。要救世，须知社会沉疾的症结所在。王阳明以为社会不安定的根本原因是人的内心，良知被私欲所遮蔽，所以必须“致良知”。复社的青年们要实际的多，现实的多。陈子龙明确的指出“今天下之大患在于国贫”，必须“修兵农而极富强”。富国强兵，才是唯一的救世之道。陈子龙仔细研究了时弊，认为当时社会危机的根源就是政治腐败，而政治腐败的根源则是君主的集权统治。在《天说》中，陈子龙提出了限制君权、开放言论自由、尊重“凡人”亦即平民的主张。陈子龙要求给予“文章之士”发表政见的权力，反对钳制言路，反对对发表政见的文人进行迫害。在朝廷和地方的关系上，陈子龙主张“分民而治”，权力不应该集中于中央，集中于皇帝和内阁。很明显，在陈子龙的实学思想中，有启蒙思想的雏形，有现代民主理论的精髓。在方以智、顾炎武、黄宗羲等人的著作中均有类似的阐述，这些复社青年们在复社的活动中也试图实行他们的理论。
而方以智的兴趣主要集中在自然科学方面。和西方早期的启蒙学者类似，他的两本主要著作，《通雅》和《物理小识》，都是百科全书式的专著。他在《通雅》卷首写道：“农书、医学、算测、工器，乃是务实，各存其家，......总为物理，当作格致全书。”他曾发大愿，立志邀集天下各门学术的专家，合编一部中国自然科学的全集：“愚者若得世资，当建草堂养天下贤才，删古之书而统类之，经解、性理、物理、文章、经济、小学、方技、律历、医药之故，各用其所长，各精其极致，编其要而详其事，百卷可举。”（《膝庐信笔》）方以智不仅总结中国固有的科学成果，也积极吸收西方科学的新成就。他研究过的西方科学著作，如几何原本、测量法义等，有记录的就达数十种。方以智和很多传教士均有深交，他儿子方中通记述了他和汤若望的交往：“先生（汤若望）祟祯时已入中国，所刊历法故名崇祯历书，与家君交最善，家君亦精天学，出世后绝口不谈。”（方中通《陪诗》）。方以智对西方的新学说的学习和继承是有选择性的，他认为西学分三大类，质测（自然科学）、 通几（哲学和神学）和宰理（社会科学），“太西质测颇精, 通几末举”（《物理小识自序》），所以西方的自然科学值得学习，哲学和神学方面则不值得照搬西方的那一套。方以智希望“借远西为郯子”（《物理小识总论》，按：左传记鲁昭公十七年郯子朝鲁，曾讲论自然知识，孔子就学，并告人说：“吾闻之，天子失官，学在四夷，犹信。”），借鉴西方的自然科学，来发扬中国传统的文化。假以时日，方以智当能够把中国仍然领先的技术领域如冶金等，和西方更先进的基础科学如数学和天文学等融会贯通，或许中国的历史会向另一方向发展。但是，假设历史发展永远是天真的想法，满清入关后，方以智一生都受到清廷的追捕，直至被捕与死亡，他的自然科学的研究中断了。
考察中国自然科学在明末突然的爆发，不得不提及有名的“李约瑟难题”，亦即为什么中国十五世纪以前在技术发明上远远处于世界领先地位，却没有率先发生西方近代意义上的科学革命；而到了十八世纪，中国已经远远落后于西方了。对于这一问题的试解答，大致可以归结于群体原因和个体原因。群体上讲，西方近代科学只能在民主的环境中产生，而中国千余年来是君主集权统治；而且，道德化的儒学在中国占统治地位，鄙视科学和技术，阻碍了科学的发展。个体而言，中国人缺乏实验的精神，不重视实证，这大概也可以归因于儒学。其实这些原因在明末都是不成立的。如前所述，晚明的社会是一个多元社会，王阳明心学的流行导致了个人自我的解放和思想界的异常活跃，朝政松驰后的社会各阶层的力量也被唤醒被激活，复社的兴起又形成了一种略似于近代的民主自由，而国事的日紧又要求经世致用的学术产生。中国科学史上的颠峰之著，《农政全书》完成于天启三年，《天工开物》和《徐霞客游记》均完成于崇祯十年，方以智的《通雅》和《物理小识》则完稿于崇祯十二年和十六年。如此密集的科学成果，看似偶然，其实是当时活泼的社会环境的必然。即以明朝一度占统治地位的理学而言，通常人们也有误解。理学本身其实是科学的实证的，它要求人们去格物致知。朱熹本身是一位重视科学观察和实验的自然科学家，李约瑟曾一再强调朱熹理学“反映了近代科学的立足点”（参见俺的坑
《被扭曲的朱熹》，
http://www3.tianyaclub.com/New/PublicForum/Content.asp? idWriter=0&Key=0&strItem=no05&idArticle=14975&flag=1）。以信奉理学的方以智为例，方中通记述了方以智写《物理小识》时用实验反复验证：“采摭所言，或无征，或试之不验，次贵质测，征其确然耳。”（方中通《物理小识编录缘起》）近代科学的曙光在这一时期的中国已经显露，而西方的科学也在这时传入。融会中西之学，结合中国传统擅长的技术方法和西方日新月异的基础科学理论，到了最恰当的时候。但是，满清的入主中原，所有的一切均被腰斩了。
徐复观先生认为宋明理学是“真正人的觉醒，知识分子的觉醒”（《徐复观集》）。钱穆先生则认为“若强要我们以西方文艺复兴相比拟，则该是宋儒，非清儒”（《国学新论》），“宋学精神，厥有两端：一曰革新政令，二曰创通经义，而精神之所寄则在书院”（《中国近三百年学术史》）。理学的精髓，其活泼的激发人们创新性的讲学传统，却被清廷所压制所摧残：“清廷虽外尊程朱，而于北宋以来书院讲学精神，本人心之义理，以推之政治者，则摧压不遗余力”（《中国近三百年学术史》）。鲁迅先生则更是一针见血：“清廷虽然尊崇朱子，但止于‘尊崇’，却不许‘学样’，因为一学样，于是而有学说，于是而有门徒，于是而有门户，又是而有门户之争，这就足以为‘太平盛世’之累。”用“太平盛世”用“稳定压倒一切”作借口而愚民与专制，压制自由的生活环境与活泼的学术气氛，是中国的惯技。中国自宋之程朱的讲学，明之陈献章、湛若水、王阳明、东林诸人的讲学，传播其政治学说，实践其政治理想的自觉与勇气，这一儒家的道统自此断裂。对于朱熹本人而言，尤其有讥讽的意味。朱熹主张限制君权，主张皇帝应该把国家大事交给宰辅和大臣们共同处理，主张用经筵讲席等方式来考核监督皇帝的言行，但清朝的皇帝恰恰用朱熹的名义赤膊上阵，将权力掌握在自己的手里；朱熹反对科举，鄙视时文，但明清的皇帝恰恰用朱熹的著作作标准来科举八股，以清朝最烈。诚如徐复观先生所说：“专政政治压歪并阻遏儒家思想的正常发展，如何能倒过来说儒家思想是专政的护符？”（《徐复观集》)
明代以暴政著名，以虐待士大夫著称，但士大夫仍以自己的血肉之躯，以自己的生命维持着读书人的体面。至清朝，则完全斯文泯灭，文字狱与诵读“上谕圣训”并举，在“盗贼的气氛之外，再加强奴才的气氛”（《徐复观集》），现在满屏幕清宫戏中一声声响亮的“奴才”，可为一证。读书人要么趋炎附势成为小人，要么埋头考据训诂以明哲保身。明末现代化的曙光，不知道被埋葬到什么地方了。《天工开物》是极好的一个例子，天工开物记载的技术方法在当时很多仍领先于西方，潘吉星《中外科学之交流》一书详细讨论了天工开物在日本和西方的流传与影响。事实上《农政全书》和《天工开物》印行后立即在日本传播，日本的生产力迅速提高，民众最终“倒幕”，从而使日本走上明治维新的现代化道路。但潘先生忘了称述一个事实，在清朝，天工开物在中国消失了，直至民国年间才由日本返回中国。和天工开物相同遭遇的书太多了，乾隆修四库全书的“盛事”，十年中仅浙江省就毁书近一万五千部，全国焚书可统计的达七十一万卷，实际数目远超过此，可以启发民智的思想性书和可以富国强民的技术性书由于其对清廷的潜在威胁性，在中国消声匿迹，民国时才在欧美日本重新一一“发现”。
清光绪三十四年（1908年）九月，在内忧外患中，清廷降旨“顾炎武、王夫之、黄宗羲均著从祀文庙”。此时，人们才发现明末哲人的书中，存在着强国的方法。“清初几位大师，实即残明遗老，黄梨洲、顾炎武、朱舜水、王船山之流，他们很多话，在过去二百年间，大家熟视无睹，到这时忽然象电气一般把许多青年的心弦震得只跳。”（梁启超《中国近三百年学术史》）但为时已晚，明末中国现代化的被腰斩，近三百年的从政治到思想到科技上的全面倒退，中国落后太多太多了。
